La direction a pour mission de concevoir la politique pédagogique et scientifique de l’Institut national du patrimoine, de veiller à sa mise en œuvre et au bon fonctionnement de l'établissement. Elle soumet ses propositions au conseil scientifique dont elle recueille l’avis et au conseil d’administration qui approuve les grandes orientations, ainsi que les choix budgétaires.
Outre le directeur, l’équipe de direction comprend les deux directeurs des études en charge des départements pédagogiques et un secrétaire général.
Charles Personnaz est directeur de l'Institut national du patrimoine depuis avril 2019.
Ancien élève de la Sorbonne et de l'École nationale d'administration (promotion Leopold Senghor), il a oeuvré dans le domaine culturel et patrimonial au ministère des Armées puis au ministère de la Culture. Directeur de l'association de préfiguration de la Maison de l'histoire de France puis rapporteur extérieur à la Cour des comptes, il a été nommé en 2019 directeur de l'Institut national du patrimoine. Il est l'auteur de plusieurs ouvrages dont le dernier, « Sauver la rue de Valois ? », est paru en 2017 aux éditions Emmanuel Lemieux.
Chargé par le Président de la République d'une mission sur le renforcement de l'action de la France pour le patrimoine du Moyen-Orient et le réseau des écoles des communautés chrétiennes en 2018, il a été nommé Président des écoles d'Orient par le ministre de l'Europe et des Affaires étrangères.
Séverine Blenner-Michel est directrice des études du département des conservateurs, chargée de la programmation et des publications scientifiques depuis septembre 2022.
Archiviste-paléographe, ancienne membre de l’École française de Rome et docteure en histoire contemporaine, Séverine Blenner-Michel est conservatrice en chef du patrimoine en spécialité archives. Elle a enseigné successivement à l’université Paris Sorbonne de 2000 à 2003, à l’université de Picardie Jules Verne où elle a dirigé le master Métiers des archives et technologies appliquées à partir de 2006, et à l’École nationale des chartes où elle était responsable du service de formation continue de 2010 à 2013. De 2015 à 2020, elle a occupé les fonctions de responsable de fonds et cheffe du pôle Traitement et communication des fonds aux Archives diplomatiques. Elle est entrée à l’institut en juillet 2020 comme adjointe au directeur des études, en charge de la formation initiale des conservateurs et de la classe Préparatoire Talents.
Conservateur général du patrimoine, Olivier Zeder est directeur des études du département des restaurateurs depuis juillet 2015.
Il a été conservateur adjoint du musée des Beaux-Arts d’Arras de 1992 à 1994 puis conservateur chargé des collections du XVe au début du XIXe siècle au musée Fabre de Montpellier de 1994 à 2015. Il a été commissaire d’expositions et auteur de catalogues et d’articles sur les peintures flamandes et hollandaises et sur l’art français.
Sophie Seyer a été nommée secrétaire générale de l’institut en juillet 2010.
Après des études supérieures en allemand, elle intègre l’institut régional d’administration de Metz en 1986. Sophie Seyer est attachée hors classe d'administration de l'État, elle a intégré l’institut en 2001.